TMO veikla integracijos srityje Lietuvoje prasidėjo 2000 metais, kuomet buvo įgyvendinti pirmieji rusakalbių (buvę imigrantai iš post-Sovietinių respublikų) gyventojų integracijos projektai. Panašios problemos buvo būdingos visoms trims Baltijos šalims, bet Lietuvoje ypač išsiskyrė Visaginas – Slavų bendruomenių tankiai apgyvendintas miestas (šie žmonės dirbo Ignalinos Atominėje elektrinėje).
Dabartinės migracijos problemos lemia naujus integracijos iššūkius. Didžiausią reikšmę pastaruoju metu turėjo dvi veiklos – Lietuvių grįžtančių iš užsienio re-integracija ir teisėtai gyvenančių užsienio šalių piliečių integracija Lietuvoje.
Lietuva ilgą laiką buvo gana homogeniškas kraštas, ypač rasės ir religijos atžvilgiu. Šiandien Lietuva patiria vis didėjantį trečiųjų šalių piliečių srautą, atvykstantį čia dirbti ir gyventi. Migracijos departamento prie Vidaus reikalų ministerijos duomenimis užsieniečių, prašančių išduoti/pakeisti leidimą gyventi, skaičius nuo 2005 daugiau nei padvigubėjo. Dauguma jų susiduria su kalbos ir kultūriniais skirtumais. Kita vertus, valstybės tarnautojai, kurie turi spręsti šias problemas, neturi reikiamos kompetencijos, patirties ar žinių. Dėl to specialios integracijos programos legaliai šalyje esantiems imigrantams – trečiųjų šalių piliečiams, taip pat ir mokymai valstybės tarnautojams, dirbantiems su imigrantais, tampa gyvybiškai svarbūs.